The institution's hierarchical organization, from the General Directorate to the technical and operational departments.
| Department | Reports to | Main functions |
|---|---|---|
| Dirección General | — | Órgano de máxima autoridad del INDEFOR-AP, responsable de la planificación estratégica y la representación institucional. |
| Departamento de Áreas Protegidas y Vida Silvestre | Dirección General | Gestiona el Sistema Nacional de Áreas Protegidas y los programas de conservación de fauna y flora. |
| Departamento de Desarrollo Forestal | Dirección General | Supervisa el aprovechamiento sostenible y la reforestación de los recursos forestales nacionales. |
| Departamento de Investigación y Cooperación | Dirección General | Coordina la investigación científica aplicada y las relaciones con socios técnicos y financieros. |
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